Eu Tong lahir di Pulau Pinang, Tanah Melayu (sekarang dikenali sebagai Malaysia) pada 23 Julai 1877. Beliau anak tunggal kepada Eu Kong Pui (Cina Tradisional: 余廣培), anak seorang pakar feng shui asal Jiangxi yang berhijrah dari Foshan di Guangdong mencuba nasib bekerja sebagai pembantu kedai runcit sebelum kemudiannya memulakan perusahaan perlombongan bijih timah dan serta seberapa perniagaan lain;[3] ibunya Leong Lay Yong berhijrah mengikut Eu Kong ke Pulau Pinang dimadukan dengan seorang berpengaruh iaitu Mun Woon Chang.[2] Eu Tong dihantar kembali ke Foshan, China, untuk melanjutkan pendidikannya.[4]

Ayahnya meninggal pada tahun 1890[5] ketika berusia 38 tahun.[1] Eu Tong mewarisi perniagaan tinggalan beliau pada berusia 13 tahun di mana beliau kembali ke Tanah Melayu 2 tahun kemudian[6][4] untuk tinggal bersama dua bapa saydara dan ibu tirinya. Tidak lama selepas itu, beliau berpindah ke rumah seorang pegawai Inggeris iaitu R. Butler dan tinggal di sana selama dua setengah tahun menduduki tuisyen swasta bahasa Inggeris dari F. W. Harley. Dari sana dia berpindah ke Ipoh dan mendaftar di sekolah kerajaan.[1][5] Kemudian dia akan berpindah ke Singapura di mana dia tinggal beberapa lama sebelum pindah ke Hong Kong apabila keadaan perniagaan berubah.[1]